Харківська філія ЄБА була створена в березні 2004 року, згідно інтересу компаній, що працюють в Харківському регіоні, до діяльності Асоціації. Філія обслуговує компанії-члени ЄБА, розташовані в регіоні, регулярно проводить загальні інформаційні зустрічі, тематичні круглі столи та організовує соціальні заходи. У філії працюють одна робоча група і 2 комітети, на засіданнях яких бізнесмени обговорюють розвиток окремих сфер та визначають спільну позицію щодо проблемних питань і їх вирішення.

Харківська філія ЄБА підтримує тісні робочі стосунки з Харківською обласною державною адміністрацією, Харківською міською радою, Державною податковою адміністрацією у Харківській області, торгово-промисловою палатою, а також з консульствами іноземних держав, представленими в області.